Τα όργανα Διοίκησης του Τμήματος Μηχανικών Βιοϊατρικής είναι:
Η Συνέλευση του Τμήματος
Ο Πρόεδρος του Τμήματος
Η Αντιπρόεδρος του Τμήματος
Πρόεδρος Τμήματος
Ιωάννης Καλατζής, Καθηγητής
Αντιπρόεδρος Τμήματος
Αικατερίνη Σκουρολιάκου, Καθηγήτρια
Συνέλευση του Τμήματος
Η Συνέλευση του Τμήματος Μηχανικών Βιοϊατρικής συγκροτείται από όλα τα μέλη Δ.Ε.Π. του Τμήματος, από ένα μέλος Ε.ΔΙ.Π. και από εκπροσώπους των φοιτητών, ως εξής: