Η διάρκεια σπουδών στο τμήμα είναι δέκα (10) εξάμηνα. Κατά τη διάρκεια των πρώτων επτά (9) εξαμήνων οι σπουδές περιλαμβάνουν θεωρητικές διδασκαλίες, εργαστηριακές ασκήσεις, κατασκευές συσκευών, φροντιστήρια, σεμινάρια, επισκέψεις σε νοσοκομεία και εκπόνηση εργασιών με έμφαση στη μελέτη περιπτώσεων και την ομαδική εργασία. Το πρόγραμμα σπουδών προβλέπει κατ’ επιλογήν διενέργεια πρακτικής άσκησης σε παραγωγικούς φορείς του δημοσίου ή ιδιωτικού τομέα στο 9ο εξάμηνο, ενώ το τελευταίο (10o) εξάμηνο διατίθεται για τη διεξαγωγή της διπλωματικής εργασίας.
Οι σπουδές στο Τμήμα αποσκοπούν στην διδασκαλία των θεωρητικών και εφαρμοσμένων τεχνολογικών αρχών στους παρακάτω τομείς του γνωστικού αντικειμένου της Βιοϊατρικής Μηχανικής:
Επίσης, επικουρικός σκοπός των σπουδών είναι οι πτυχιούχοι να αποκτήσουν γνώσεις που αφορούν:
Τέλος, η διπλωματική εργασία πριν από τη λήψη του πτυχίου δίνει τη δυνατότητα στο φοιτητή να αποκτήσει την εμπειρία μελέτης σε βάθος της ειδικότητας, είτε με ερευνητική, είτε με κατασκευαστική, είτε με συνδυαστική εργασία και με κατάλληλη βιβλιογραφική ανασκόπηση, με έμφαση στην ανάπτυξη των προσωπικών ικανοτήτων του φοιτητή.